解析：本题考察的是森林与二叉树之间的关系转换。结点X是结点Y的父结点的父结点，意味着X是Y的祖父。因此，X与Y之间的关系可以是祖孙关系。选项A错误，因为X不可能是Y的父亲；选项B错误，因为X和Y不可能是兄弟；选项C是可能的，但不一定成立；选项D正确，因为X确实是Y的祖父。因此，正确答案是D。