A选项中，`Arrays.sort(arr)`会将`arr`排序为 `{1, 2, 4, 5, 8, 9}`，然后 `Arrays.fill(arr, 0, 3, 1);`会将数组前三个元素替换成 1，变成`{1, 1, 1, 5, 8, 9}`。此时`Arrays.binarySearch(arr, 1)`可能返回 0，1或2（取决于实现），但数组确实发生了改变。B选项中，`Arrays.sort(arr)`将 `arr` 排序为`{1, 2, 4, 5, 8, 9}`。然后 `Arrays.sort(arr, 0, 3)` 对前三个元素排序，数组不变。此时`Arrays.binarySearch(arr, 1)`返回0，数组内容没有变化。C选项中，`Arrays.sort(arr, 0, 4)`将前4个元素排序，数组变为`{1, 2, 5, 8, 9, 4}`，此时进行 `Arrays.sort(arr);`排序后，数组变为`{1, 2, 4, 5, 8, 9}`，这时`Arrays.binarySearch(arr, 1)` 返回0。数组也发生了变化。D选项中, `Arrays.fill(arr, 1)` 将数组变为`{1, 1, 1, 1, 1, 1}`，之后使用 `Arrays.sort(arr);`排序后，数组不变，仍然是`{1, 1, 1, 1, 1, 1}`，这时`Arrays.binarySearch(arr, 1)`返回一个大于等于0的值，但数组内容没有变化。本题强调了两个条件，数组内容发生改变，且`Arrays.binarySearch(arr, 1)` 返回值大于等于0，只有A满足两个条件。