选项A错误，因为一个Java应用程序可以由一个或多个类组成。选项B错误，因为一个类最多只能有一个main方法。选项C正确，因为含有main方法的类确实称为主类。选项D也是正确的，因为类是Java程序的基本组成单位，一个Java应用程序由一个或多个类组成。但是，根据题目的要求，我们需要选择一个唯一正确的答案，因此选项C是正确答案。